一顆流星劃過東京夜空，隨它一同到來的還有希臘神話傳說中的黃金蘋果。善良的孤兒院女老師繪梨衣與孩子們過著平靜的生活，但是她受到黃金蘋果的召喚，化身為糾紛女神艾莉絲。為了實現毀滅世界的目的，她綁架了女神雅典娜，並用金蘋果將其捆住。隨同糾紛女神一同複活的還有矢座魔矢、豎琴座奧菲斯、南十字星古拉特、神盾座阿恩、奧利安座渣加等五位亡靈聖鬥士。正享受和平生活的星矢、紫龍、瞬和冰河收到艾莉絲送來的挑戰書，他們重新穿上聖衣前往女神被困所在。到達聖域的星矢眾人遭遇亡靈五人組，隨即陷入艱苦鏖戰。女神危在旦夕……
本片為動畫片《聖鬥士星矢》第一部劇場版。