《戰國大亂鬥》的故事背景就如字所述，是以日本戰亂頻繁的戰國時代為舞台，各名戰國武將均以成為日本第一將軍而一爭天下。而在遊戲中，“戰神卡”是被封印在六個隱藏秘寶之中，而各武將也為了奪得這些“戰神卡”，以助一奪天下之利，便互相展開撕殺。而玩家作為一名初出茅蘆的武將，將要展開旅途，為了奪得這些“戰神卡”而完成各種任務及打敗武將BOSS。