《人類衰退之後》的故事是以人類正漸漸地步出曆史舞台，並由一種平均身高隻有10公分，三頭身的妖精主導了這個世界。這些妖精擁有高智能，而本作的女主角則成為了人類與妖精間的調停官，負責斡旋在妖精與人類之間的重要事務。雖然如此，由於妖精很少跟人類接觸，因此女主角根本沒啥工作可作，因此她想要好好研究妖精的生態，因此，《人類衰退之後》其實就是她與妖精們互動的觀察日記了。