經過多年來縱橫浩瀚宇宙的星際旅程，以及為了維護和平並促進人類及外星人友好關係，執行過無數次重大任務之後，企業號星艦光頭艦長皮卡特和他的艦員就像是一個大家庭，已經建立起深厚的感情，他也像是一個大家長看著這些年輕的星艦成員逐漸成長。 但是天下沒有不散的宴席，皮卡特長久以來的副手企業號星艦副艦長瑞克準備迎娶谘詢員特洛依，並且扶正為泰坦號星艦的艦長。當企業號成員參加瑞克的婚禮之後，從他的家鄉阿拉斯加州啟程航向特洛依的家鄉貝塔茲星準備在那裏舉行第二場婚禮時，工程師鷹眼偵測到鄰近的寇拉洛斯Ⅲ號星上發出異常的電磁訊號，他們派人搜寻後找到一名機器人，並發現他很有可能是企業號科學官百科的前身。 這時企業號繼續航向貝塔茲星，但是皮卡特卻收到珍葳上將的信息，告知他星艦聯邦的宿敵羅慕倫人發生一場政變，新任帝國總督想和星戰聯邦進行和談，而企業號是離中立區最近的星艦，於是皮卡特必須率領艦員前往試探帝國總督的誠意。 當皮卡特見到羅慕倫帝國新任總督時大吃一驚，因為他並不是羅慕倫人，而是來自羅慕倫星的姊妹星雷摩斯星，更令人意外的是，這位名叫辛佐恩的領導者既不是羅慕倫人也不是雷摩斯人，他竟然是皮卡特的複製人！ 多年前一位羅慕倫將軍為了對付星艦聯邦，於是製造出皮卡特的複製人，想要偷天換日取代真正的皮卡特艦長，藉此瓦解敵方勢力。但是這個陰謀早在多年前就遭到反對，而辛佐恩也被放逐到雷摩斯星的雙鋰礦區。盡管遭到放逐，辛佐恩仍然不放棄希望，他受到謎一般的雷摩斯星總督庇護，並受到他的栽培，權力與力量與日俱增，甚至成功發起政變，奪下羅慕倫星的軍事政權，成為新任的帝國總督。 雖然辛佐恩一再向皮向皮卡特保證羅慕倫人進行和談的決心和誠意，但他真正的目的是為了那位與他的DNA基因相匹配的人，如果他找不到這個人，辛佐恩將死去。於是他威脅要炸掉整個世界，以期將他的“孿生兄弟”引誘到羅慕倫星。辛佐恩抓住了皮卡特船長，危急時刻他的船員救了他，並且逃回了企業號。惱羞成怒的辛佐恩向企業號發動了瘋狂進攻。皮卡特船長和他的船員們並肩戰鬥，瓦解了辛佐恩的進攻，保住了企業號同時也拯救了自己和地球。