近來產生了數起離奇的失蹤事件——在雨夜聽到籠目歌謠的女孩相繼行蹤不明。鬼太郎發現失蹤者是中了蛇女的詛咒。女高中生比良本楓也中了此咒，生命瀕危，鬼太郎以及同伴們和她一起踏上了解咒之旅。在妖怪圖書館的掌管者文車妖妃的幫助下，眾人查知隻有集齊三件上古樂器，舉行護人囃子之儀才能封印蛇女。於是，一行人分頭前往古地圖上記載的“天”、“地”、“海”三處，尋找樂器。鬼太郎和楓去“天”——箱根的神山；貓女和鼠男去“地”——高尾山；撒沙婆婆和子泣爺爺去“海”——三浦半島的海麵。