冰果外傳第二季在各個憧憬展開"玫瑰色"高中生活的學生之中，折木奉太郎卻是一個"灰色"的節能主義者，沒有必要的事都不會主動去做。本應沒有興趣參加課外活動的他，卻因為姐姐的命令而加入了其學校神山高中的“古籍研究社”。該部今年招攬到奉太郎在內的四名新社員，成功避過廢社危機。然而，眾人隨即卷入三十二年前的謎團之中。當年突然逃學的社長，留下了一本命名為《冰果》的社刊，內裏竟隱藏著一些引人落淚的訊息…… 與Geass的少女相遇後，節能少年的生活便發生了巨大的改變。