《殼中少女》描寫的是一個關於未成年妓女的故事。主人公露恩·芭洛特因為介入賭場經營者榭爾的計劃遭到謀殺，千鈞一發之際幸得犯罪搜查官博士和烏夫庫克營救，並借助馬杜克緊急法令-09（Mardock Scramble-09）保存了性命。芭洛特因為馬杜克緊急法令-09（Mardock Scramble-09）得到了高度電子幹涉能力。之後，芭洛特和博士，烏夫庫克一電子幹涉能力。之後，芭洛特和博士，烏夫庫克一起開始追查榭爾的犯罪事件，而另一方麵，榭爾也雇傭了搜查官鮑伊德企圖將芭洛特逼入絕境……