時間大約為第一部完結之後1個月，故事描述了主人公早乙女阿爾特他們與不明宇宙生物“Vajra”之間最後的戰役。對於很多fans有所不滿的“雙飛”戀情，在本作中也將畫上句號。阿爾特將在兩位女主角——雪莉露·諾姆和蘭卡之間做出一個選擇。《劇場版 MacrossF》在當初製作時就預備做成上下兩部，所以這部劇場動畫也是《MacrossF《MacrossF》整個故事的完結篇。動畫也是《MacrossF》整個故事的完結篇。