《惡魔之謎》的故事舞台設定在一個名為“10年黑組”的全住宿製女子高中的班級，這個班級裏的12名學生都是由暗殺者構成的，她們全都瞄準了她們的同學一之瀨之瀨晴的性命。即使她的性命被眾多人覬覦，一之瀨晴依然發誓一定要活著畢業。另一方麵，同樣也是準備奪取一之瀨晴性命的暗殺者轉校生東兔角卻在一次次接近對方時，漸漸地被晴所吸引。在同學們對晴展開攻擊之時，兔角則以保護者的姿態與她們開始了戰鬥。