舞台是公安9課還不是最重要的先遣衝鋒部隊A.D.2027。 在十分懂得權術、老謀深算的公安捜査的荒卷麵前出現是——隸屬於陸軍501機關的草薙素子三佐。擁有最高度的物理與電腦作戰技能的她，和荒卷比起來顯得不諳世事。不過這樣的她也和荒卷共同行動，解決了很多犯罪事件。但這同樣引起了501機關的注意，尤其是作為上司以及保護者的女野心家久留津中佐產生了摩擦。 與此同時，謎樣的病毒“Fire Starter”出現了，在各種疑難事件群起之中，“擁有不眠之眼的前特部隊隊員”、“已經成家的特捜