艾力克兄弟各自在兩個不同世界生活，想盡辦法期望能再次相見。取回肉身但失了憶的艾爾，跟師傅泉重新修練鍊金術，為找尋哥哥繼續踏上征途。愛德華則穿過「門」來到公元1923年的德國慕尼黑，當時一場世界大戰正醞釀爆發。在這現實世界，愛德華無法用自己擅長的鍊金術，隻好借助貌似弟弟的年青人亞爾凡斯之力，嚐試用火箭工學的力量重返故?，可惜總是找不到頭緒。德國在一次世界大戰中戰敗，慕尼黑通貨膨脹問題嚴重，民怨沸騰，人們都暗地裏尋找理想國「森巴拉」。由卡爾．侯士荷化率領的圖利協會就是一個尋找森巴拉的組織，希望結合自然科學，開啟通向森巴拉的路，締造一個排外的單一民族國家。愛德華及後遇到一個叫麻布茲的男子，這名男子正在追尋一條「傳奇龍」。愛德華跟麻布茲到一座奇怪古城，終於遇到這條龍，誰知原來牠是無法變回真身的人造人安比。兩強相遇，展開連番激戰。另一方麵，秘密組織圖利協會利用安比和愛德華所畫的鍊成陣，成功打開了連結鍊金術世界和現實世界的「門」。兩個世界意外地連結在一起，令鍊金術世界陷入絕大危機。兩兄弟相見的宿願，跟前所未有的世界危機交織在一起，艾力克兄弟怎樣麵對這個全新的局麵？