ST最後一起最大的難案拉開了帷幕。
天才黑客引發囚犯越獄。
但是，犯人鏑木徹（中山裕介）被焚燒的屍體被人發現。警視廳科學特搜班ST的隊長赤城左門作為嫌犯被逮捕。赤城認罪，稱殺人的理由是“鏑木做了讓他難以原諒的事”。難以原諒的事到底是什麽？還沒弄清這句話真正的意思，沒了隊長的ST就被解散了...但是，赤城從拘留所逃跑了。警方為了追捕赤城，召集了青山、結城、黑崎、山吹，也就是ST的隊員們。為了逮捕赤城，特別複活ST實在是諷刺。一瞬間，最棒的團隊成了最大的敵人。赤城vsST的逃跑劇開始了。
兩天後要調走的ST的責任人百合根友久也相信赤城的清白，加入了搜查，尋找案子的關鍵。關鍵就是可以從感染的電腦中竊取情報的電腦暴露病毒“福金”。隨後找到知道事情真相的謎一樣的女人堂島菜緒美（安達佑實），但有人捷足先登綁架了她。百合根決定和菜緒美留下的女兒椿（鈴木梨央）一起行動。此時，赤城出現了...
在警察布下的包圍網中，二人開始一起調查案子的真相。百合根能否知道赤城的真相？然後，錯綜複雜的難案的所有謎題會被解開嗎...！？