1991年18歲的三合會會員劉建明（劉德華飾）服從大哥韓琛（曾誌偉飾）的指示進入警校學習，想得到機會來做警方的臥底，但沒想到在最後被選中的是另一個學生名叫陳永仁（梁朝偉飾），表麵上是將其強迫退學，實際上則是讓他進入三合會當臥底。劉建明從警校畢業後順利的進入警局，並且職位步步高升，已成為刑事情報科A隊的一員，在此期間他利用各種機會為韓琛提供了大量的情報。而陳永仁在這些年以來已經得到了韓琛的初步信任，但由於韓琛的案件始終沒有破，他永遠隻能呆在黑幫，隻有黃警督（黃秋生飾）與他單線聯係。2002年的一個晚上，根據陳永仁臥底情報，獲知一批毒品即將交易，而交易的一方為韓琛，但由於當時劉建明及時將消息傳給了韓琛使其成功逃脫，不過因此雙方發現各自的內部具有“內鬼”，於是一場激烈的角鬥由此展開。在最後的結局中，雙方“內鬼”都認出了自己的身份，不過劉建明搶先一步，早已將陳永仁的徹底檔案刪除，使其永遠也無法恢複身份，而最後陳永仁也死在了劉建明的槍下。