《久保與二弦琴》的故事主角是生活在海岸邊的男孩久保。當一位來自過去的怨靈將他卷入複仇之中的時候，久保平靜低調的生活瞬間掀起巨浪。在神靈與妖怪的追殺之下，久保反敗為勝的唯一希望就是尋回父親生前披戴過的那副擁有法力的盔甲。鼓起勇氣的久保就此踏上了奧德賽式的征程，而路上等待他的不僅有埋藏在家族裏的秘密，還有為保護這片土地與頭頂的星空展開的英勇抗爭。