當Alex, Marty Gloria和Melman幾個主角還在非洲悠閑度日（從《馬達加斯加：逃往非洲》後），四隻企鵝（首領Skipper, 智囊Kowalski, 最年輕的Private和最瘋狂的Rico)已經回到了紐約中心動物園，並在此地執掌治理大權。與此同時他們還要執行各種秘密任務，時不時地他們就要從動物園逃出來執行任務。 正當這一隊企鵝覺得自己已經運籌帷幄之際，新鄰居——Julien，一隻狐猴王搬來動物園。現在企鵝們必須為動物園首領的寶座與之展開角逐。
四隻肥嘟嘟、憨態可掬的企鵝簡直喜愛到了無以複加的程度。這四隻可愛的小家夥在動畫片《馬達加斯加》中作為配角出場，但是，它們的風頭絕對蓋過那四個言談舉止行為動作故作牽強滑稽狀的獅子斑馬河馬和長頸鹿！你可以在這部影片的“附屬產品”——《The Madagascar Penguins in a Christmas Caper》（中文譯名：馬達加斯加企鵝幫聖誕惡搞記）中欣賞到它們的出色演出。