影片講述了在一個時局動亂，軍閥割據的年代，百姓民不聊生，坊間謠傳詭門十三針是一種神奇的針法，能夠治療各種疑難雜症，主人公赤瞳從小就是孤兒，父母就是被陰病所害，在與蘇哮天結識之後，踏上了用詭門十三針治療陰病的旅程，經曆了一番艱難的鬥爭之後，蘇哮天在與陰病的戰鬥中，不幸離世，赤瞳繼承了蘇哮天的意誌，踏上了鏟除陰病的路途……