故事延續聞名的《吸血鬼德古拉》，HELLSING教授打倒了不死的德古拉之後，時間過了約100年，英國王立國教騎士團是專門殲滅對抗大英帝國和英國國教的反基督怪物的非凡機關，而其中的王牌是拿著常人無法使用的大口徑手槍的吸血鬼阿爾卡特，在一次任務中轉化了被狹持的女警西洛斯，之後兩人就以主仆的關係進行任務。但是潛伏在曆史陰影中的敵人也正在重整旗鼓，一連串不平常的人造吸血鬼肆虐事件指向了一個秘密的組織“千禧年”， 這個組織由躲藏在南美的納粹殘黨所建立，在領導人少校的指揮之下，許多加入組織的黨衛軍老兵接受了改造成了不死的 吸血鬼軍團“最後的大隊”，另外，少校手下的“狼人部隊”擁有超乎常識的超自然能力以及殺戮的意誌，也成了相當恐怖的敵人。
