《女校通緝令》講述了警局裏有名的倒黴兄弟“鼠標”和“鍵盤”,總是功勞沒份,投訴成堆,兩個人彼此看不順眼,一心想著能換掉這個倒黴的搭檔。處長答應他們如果成功破獲一次案子就考慮他們換搭檔的請求,於是二人自告奮勇的來到一所貴族女校擔任臥底去追查一起關於“麵膜上癮”的案件。在接頭人Boos楊的支持下,兩人雖然烏龍不斷,但憑借女性裝扮也得到不少便利,漸漸摸清線索,而與此同時,讓兩個倒黴兄弟驚訝的是,在這所學校內還隱藏了一起走私軍火案,在臥底查案中,二人摒棄成見,開始認真追尋線索……