某日，一群使用風遁之術的空忍空襲火之國，無數民眾和忍者遇害，形勢危急。據綱手大人所言，這群不速之客正是在第二次忍者大戰中落敗的空之團，如今他們懷著複仇之心再次出現。卡卡西（井上和彥配音）等人則負責偵查空之團的老巢，鳴人（竹內順子配音）,小櫻（中村千繪配音）,雛田（水樹奈々配音）受命組成三人醫療小隊，協助名醫神農（石塚運昇配音）前往其徒弟雨琉的家鄉醫治傷者。另一方麵，病入膏肓的大蛇丸得知神農的再生之術業已完成，他命佐助（杉山紀彰配音）前去尋找神農。這也促成佐助和昔日夥伴宿命的重逢……