在《Fairygone》世界中，有著能將妖精作為兵器所操使的“妖精兵”存在。而在故事中，距離戰爭9年後那不穩定的政局，因戰爭受到傷害展開複仇的恐怖份子因此出現。過去故鄉被戰爭毀滅的主角“瑪莉亞諾耶爾”，為了阻止同樣在那時候活下來卻選擇成為複仇者的“維洛妮卡伊”，因此加入了取締違法妖精機構“Dorothea”...