影片講述距離1638年島原之亂100年後，在日本德川家光時代發生的妖異英雄故事。在德川幕府時代，日本幕府統治開始走向沒落，對農民的壓迫也空前慘烈，其時又有西方宗教傳入日本，忍無可忍之下，暴發了農民起義，許多天主教農民揭竿而起反對幕府的統治，史稱"島原之亂"，轟動了整個日本，大大地衝擊了當時的當權者。

當時的起義在1638年暴發，不男不女的妖異少年天草四郎為首的天主教徒，聚集農民和天主教徒37000多萬人發動了起義，攻擊德川幕府的各地政權。起義軍開始時勢如破竹，連連擊敗幕府軍隊，攻下了幾座城池，而且影響越來越大，參加進來的農民逐漸增多。德川幕府緊急調動各地諸侯的兵力12萬鎮壓起義農民，起義軍和幕府諸侯軍隊血戰3個多月後終因寡不敵眾而失敗，起義軍領袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府軍隊抓獲，被判斬首示眾，他死前卻大聲疾呼:我將像天主基督一樣複活!