靜靜的宇宙，一艘名叫“貝蒂”的太空船正在飛向“禦夫座”星球。船上躺著數十個被麻醉凍僵了的地球人，他們全然不知即將到來的災難。原來，喪盡天良的軍方和商人將這些人誘拐過來，要送到“禦夫座”上孵化異形女皇兩百年前生下的蛋。 

雷普莉（西格妮•韋弗 Sigourney Weaver 飾）已成為了異形女皇生下的轉世為人的異形人。她的基因裏帶上了異形的基因，變得特別強壯、忽明忽暗，成了“雙麵人”。“貝蒂”上有個叫考爾（維諾娜•賴德 Winona Ryder 飾）的年輕女人，正在設法破壞孵化異形蛋計劃。當“貝蒂”來到“禦夫座”，意想不到的情形發生了！