《代號深海》的故事發生在民國上海灘，梁軍是混跡於大上海三教九流遊走於軍統和黑市之間的特殊角色，在愛民醫院的一次醫鬧事件中梁軍遇到了失蹤多年兒時青梅竹馬的王玉梅，後來梁軍經過王玉梅的感召，在組織的層層考驗下成為了一名堅定的無產階級戰士，成功的協助上海地下交通站將一批重要藥品物資從上海運到解放區，最終梁軍和王玉梅也收獲了愛情。