自西元20XX年,人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個名叫索哈爾(Zohar)的物體之後,便開始對它進行研究,後來有人重建出來所謂的“神之語言”,並建立電腦程式以啟動原始索哈爾,進行和上位領域的U-DO(上位領域當中的紅色波動存在)連結的連結實驗,但很不幸地,從上位領域流入下位領域的能量造成了事象變移,使地球(遊戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”,人類因而被迫逃亡,離開地球。
到了四千年多後,在故事開始前十五的T.C.4753年,米爾奇亞行星(Miltia)爆發了所謂的米爾奇亞衝突事件,在此次事件當中,米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊,並在衝突事件後消失,但事件的真相卻因為米爾奇亞的消失而不為人知。在事件後,啟動原始索哈爾(後來人類製造出了十二具索哈爾模擬體,因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾)所需的神之語言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標等事物,都被封存在Y資料當中,而Y資料又被封存在百式觀測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識內,然而這麽做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪,因此星團聯邦政府(遊戲中統治各行星的政府,英文名Galaxy Federation)雇了一個名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg),以保護M.O.M.O.的安全。