故事的舞台是2030年前後的日本首都·超東驚。人類通過“搭檔對戰”，開始與稱作“親近界”的異世界居民進行交流。所謂搭檔對戰，是指由獲選的人類“搭檔鬥士”與異世界的居民（搭檔怪獸）組成夥伴，進行對戰的卡片遊戲。這樣的對戰有時甚至將左右一國的命運，將搭檔怪獸的力量用作惡途的事件也時有發生。相棒學園小學部6年級學生，未門牙王。他也憧憬著搭檔對戰，希望終有一日能與怪組成搭檔。一天，牙王發現一名少年被不良少年圍困，出於正義感而使用擅長的合氣柔術救助了少年。有一隻遙遠異世界的怪獸關注到了牙王的行為。那隻怪獸就是龍族世界之英雄的孩子，“衝擊鑽突貫龍”。衝擊鑽中意能打破常識的牙王，與他契約成為搭檔。本劇講述的是被搭檔怪獸選擇的主人公，通過搭檔對戰與搭檔跟同伴不斷加深羈絆，不斷成長的故事。