講述的是中學時期的故事。Free男子遊泳部動畫全集主要講述小學時期，四位隸屬遊泳學會的成員於畢業前的大會奪得冠軍，留下難忘的回憶後分道揚鑣。時移世逆，悠閑度日的高中生少年七瀨遙，突然有一天遇到他小學時代的遊泳社的夥伴鬆岡凜。凜一邊懷舊的同時向遙提出挑戰，結果凜將遙壓倒性擊敗。以此為契機，遙決定跟高中同校的橘真琴和葉月渚重新集結，加上新成員龍崎憐以及經理鬆岡江成立岩鳶高中的遊泳部。充滿躍動感的男子高中生，展開了這個關於遊泳,青春與羈絆的物語。