美國政府在南太平洋1000尺的海底，發現一艘已有300年曆史的神秘太空船，於是一組頂尖的科學小組受徵召前往當地調查，包括了心理學家諾曼古德曼（達斯汀霍夫曼 飾，“桃色風雲之搖擺狗”）、生物化學家貝絲哈波琳（莎朗史東 飾，“驚世第六感”）、以及數學家哈瑞亞當斯（山繆傑克森 飾，“星際大戰首部曲”）。科學小組利用高科技的實驗艇，深入海底進行探測，他們進入太空船後，發現了一個“2048年美國製造”的字樣，證實了這是一艘未來的太空船，曾經曆時空旅行來到此地，船內部有一個巨大而怪異的球狀體，當他們先後進入這球狀體後，人人都產生了詭異的反應與幻象。此時，一個不明海底生物開始攻擊實驗艇，使小組與地麵失去聯絡，接二連三的驚駭亂象開始產生……