在於第八張職階卡裏寄宿的英靈戰鬥之後，和平的日子並未到來。突然在圓藏山掀起的異變，將依莉雅卷入與迷之人偶的交戰之中。交戰過後，時空發生動蕩，依莉雅醒來就發現自己身處在平行世界——也是美遊出生，成長的世界。為了守護自己重要的事物，魔法少女們壯大的戰鬥就此展開。