影片講述了寄養在寺廟的童子僧東東意外發現了一夥盜賊的陰謀，並在小姑娘明明的幫助下，利用熟悉寺院環境以及平時整蠱師兄們的小技術，設計種種關卡，讓盜賊吃盡苦頭的故事。和美國電影《小鬼當家》係列相比，《小和尚大當家》同樣是惡整盜賊的故事，東東整蠱盜賊的竹槍、鞭炮、珠子、佛珠、彈弓等道具，都是極具中國特色的元素。