幕府末期，日本陷入動蕩。緋村劍心因劍術高超，被冠以“劊子手拔刀齋”之名，效力於長州藩倒幕部隊首領桂小五郎的手下。一天，劍心救下一位名為雪代巴的年輕女子，卻被其目睹了殺人行徑，他隻好將她帶到長州藩眾人的落腳處。不久後，長州藩武士因池田屋事件引兵上京，隨後於禁門之變中戰敗。劍心與巴以夫妻名義隱居鄉間，他第一次感受到了內心的安定。然而，巴的突然失蹤打破了這份平靜，劍心臉上的十字傷之謎也終於被揭開。