地上世界已經被名為「魔甲蟲」的魔物支配，人類被迫逃到空中的浮空都市上生活。 就在此番背景下，人類中孕育出了能夠與「魔甲蟲」對抗的存在——空戰魔導士。 作為空戰魔導士的培養機構，浮空學園都市「霧之槍」的學生， 奏多·英司是擁有「黑之劍聖」稱號的王牌精英。 但是，他卻因為“某個事件”被打上「背叛者」的烙印，從前線退了下來。 就是這樣的奏多被任命為“萬年吊車尾”E601小隊的教官。 這支小隊收容了三名個性特異的少女。 為了磨練她們，奏多用的卻又都是些荒誕又不合常理的指導方法… 「我會把你們打造成最強大的空戰魔導士！」 通過“背叛者”教官的奇葩指導，而成為「最強空戰魔導士」！ “吊車尾”少女們的成長故事，即將拉開序幕。