2031年，<翔龍危機>發生當日，劉雷昂身處事故的中心地點。量子反應堆——為替代日漸枯竭的環境資源而研究開發的下一代能源裝置突然失控，在釋放了大量未知能量之下發生了大爆炸。世界環境為之激變。人類以外的生物、機械等出現了獨特的進化，誕生了特異進化生物“B.R.A.I”。就是它們，一步步將人類逼到了滅絕的邊緣。 <翔龍危機>過後七年，雷昂住在絕對防衛都市新翔龍市外圍的荒野，在與定下<家族契約>的劉可依一起生活的同時，為了對抗B.R.A.I而進行著獨立的研究。散漫的雷昂和愛操心的可依相依為命，平靜的日子時常讓人忘卻曾經的殘酷。然而，威脅正在切實地逼近……